El 30 de junio de 1860, ciencia y religión protagonizaron un enfrentamiento en la Biblioteca Museo de la Universidad de Oxford. Por un lado intervendría el obispo Samuel Wilberforce, por la Iglesia anglicana; por el otro, el biólogo inglés Thomas Henry Huxley, armado con un ejemplar de El Origen de las Especies, publicado por Charles Darwin en 1859. El libro de Darwin, que avanzaba la teoría de que todas las criaturas habían evolucionado a causa de la selección natural, socavaba la interpretación literal de la Biblia según la cual Dios creó el mundo, incluido el ser humano, en el espacio de 6 días hacía unos 6 mil años. Pero la religión estaba más que preparada para defender su posición. El obispo Wilberforce atacó a Huxley por su supuesta falta de evidencias, a lo que Huxley respondió que prefería descender de un mono antes que de un obispo.
Pruebas concluyentes
Este desafío a las ideas preconcebidas no fue un ataque deliberado de la ciencia contra la religión, sino que procedía de los recientes descubrimientos científicos que contradecían la doctrina cristiana. El propio Darwin, que era cristiano, se encontró en una difícil situación y, a la hora de publicar sus revolucionarias ideas, tuvo reparos por miedo a la opinión pública, refiriéndose a sí mismo como el "capellán del Demonio". Desde la Ilustración, la filosofía había desafiado la interpretación literal de la Biblia, pero las evidencias científicas de fines del siglo XVIII y principios del XIX dieron una nueva dimensión al debate. Desde 1785 a 1835, cuatro científicos (Georges Cuvier, William Smith, James Hutton y sir Charles Lyell) aportaron rocas y fósiles que sugerían que la Tierra era mucho más antigua de lo que se pensaba, poniendo en duda la cronología y la historia de la creación bíblicas. Sin embargo, en el siglo XIX la geología no estaba lo suficientemente desarrollada como para hacer una estimación precisa de la edad de la Tierra.
La Iglesia podía contrarrestar esas teorías sin demasiados problemas, pues un gran número de cristianos estaban dispuestos a considerar metafórica la cronología bíblica y a identificar los seis días de la Creación como eras o períodos geológicos. Sin embargo, la idea de que el hombre descendiera del simio (despectivamente conocida como la "teoría del mono") era mucho más difícil de aceptar. Algunos encontraron una vía que les permitió conciliar sus creencias religiosas con los descubrimientos científicos. El teólogo y novelista Charles Kingsley escribió: "Poco a poco he llegado a comprender que es tan noble el concepto de la Divinidad como para creer tanto que Él crease formas primitivas capaces de desarrollarse por sí mismas como que requiriese una intervención posterior para completar [los huecos de] las que Él mismo había creado".
La marcha de la ciencia
Durante el siglo XIX la ciencia pasó de afición para excéntricos a disciplina respetada e incluso admirada, cambio ejemplificado por el uso de la palabra "científico" para denominar a quien antes se le llamaba "filósofo de la naturaleza".
La ciencia ganó credibilidad al margen de la religión y no en su detrimento, pues el cristianismo mostró una gran capacidad de adaptación. Desde la Revolución Francesa, la creciente limitación de la influencia de la Iglesia por el Estado generó en Europa una mayor libertad religiosa y una progresiva tendencia a la multiconfesionalidad. La competencia entre distintos credos reforzó los vínculos entre los creyentes, y la reacción ante el auge del ateísmo en las ciudades fue la construcción de más iglesias.
El progreso científico continuó, y la gente se benefició de los avances médicos y tecnológicos. Los gobiernos empezaron a afrontar la necesidad de una educación científica: en las universidades se crearon departamentos de investigación y se fomentaron las instituciones tanto científicas como técnicas. El conocimiento científico se filtró en la sociedad, por lo que se hizo más accesible. A pesar de los temores de la Iglesia, la sociedad no tuvo que elegir entre Dios y la ciencia. Por el contrario, dichos avances fomentaron en muchos casos la aceptación mutua entre ciencia y creencias religiosas.